Müfreze filminde, küçük bir kız çocuğunu kurtarmaya çalışan askeri ekibin verdiği mücadele anlatılıyor. Teröristlerin işgal ettiği küçük bir köyde yaşayan çocuklar, içtikleri sudan zehilenir ve valilik olaya müdahale eder. Çocukların tedavisi için köye gelen doktor Kemal'e, 7 kişilik bir komando birliği eşlik eder. Hastalardan küçük bir kız çocuğunun durumu ağırlaşınca çocuğun şehre götürülmesine karar verilir. Ancak şehre gitmek isterlerkenyollarını kesen terör örgütü onları engeller. Askerler, çıkan çatışma sırasında doktoru ve çocuğu korumak için zorlu bir mücadele verir.